In het kader van de Phare-GS-verordening werden gemeenschappelijke comité's voor programmering en toezicht opgericht, bestaande uit nationale en regionale vertegenwoordigers van het Phare-land en de aangrenzende lidstaat. Deze comité's slaagden erin, de grenslanden samen te brengen voor het selecteren, evalueren en aanbevelen van nieuwe projecten.
In den gemäß der Phare-CBC-Verordnung eingesetzten gemeinsamen Programmierungs- und Monitoringausschüssen, denen nationale und regionale Vertreter der Phare-Länder und der angrenzenden Mitgliedstaaten angehören, kam es zur Zusammenarbeit zwischen den aneinander angrenzenden Ländern bei der Projektfindung und der Beurteilung und Empfehlung neuer Projekte.