BONUS dient een strategische fase te omvatten, die gevolgd wordt door een uitvoeringsfase, zodat de belanghebbenden uitgebreid kunnen worden geraadpleegd over een strategische agenda voor onderzoek die ook kan inspelen op opkomende onderzoeksbehoeften.
BONUS sollte eine der Durchführungsphase vorangehende Strategiephase beinhalten, damit eine breite Konsultation der interessierten Kreise über das strategisch ausgerichtete Forschungsprogramm durchgeführt werden kann, das auch neu entstehenden Forschungsbedarf aufgreifen kann.