Eurojust en het Europees openbaar ministerie, belast met de bescherming van de financiële belangen van de Gemeenschap, zouden elkaar aanvullen: het Europees openbaar ministerie zou de leiding van de strafvervolging op een specifiek gemeenschappelijk, maar begrensd gebied centraliseren; Eurojust daarentegen zou met behulp van de klassieke samenwerkingsmiddelen op een ruimer gebied van de zware criminaliteit werkzaam zijn.
Eurojust und die Europäische Staatsanwaltschaft zum Schutz der finanziellen Interessen der Gemeinschaft würden einander ergänzen: Letztere würde die Leitung der Strafverfolgung auf einem spezifisch gemeinschaftlichen, aber begrenzten Gebiet zentralisieren; Eurojust hingegen würde mit den klassischen Mitteln der Zusammenarbeit in einem weiter gefassten Bereich der schweren Kriminalität arbeiten.