De Europese Commissie heeft bij een audit in 2011 (betreffende de jaren 2008 en 2009) de financiering van het Fonds via (vrijwillige) contractuele bijdragen betwist wat betreft het programma voor salmonellabestrijding, en de reeds toegekende medefinanciering voor de jaren 2008 en 2009 teruggevorderd (886 948 euro).
Dans le cadre d'un audit réalisé par la Commission européenne en 2011 (relatif aux années 2008 et 2009), le financement du Fonds Sanitaire via des cotisations contractuelles (volontaires) concernant ce programme de lutte contre les salmonelles a été contesté et le cofinancement déjà accordé pour les années 2008 à 2009 a été réclamé (886 948 euros).