Door gebrek aan ervaring zijn er in het verleden veel fouten gemaakt, waardoor Natura 2000 zichzelf in de ruimste zin van het woord vaak een slechte naam heeft bezorgd. In de regio’s en landen waar die omzetting echter wel goed is verlopen, zowel bij de gesprekken met grondbezitters over het ontwikkelen van beheersplannen als bij het doen van een passend aanbod voor directe betalingen, is het systeem wel effectief gebleken.
Par manque d’expérience, de nombreuses erreurs ont été commises, et c’est pourquoi Natura 2000 au sens le plus large du terme souffre d’une réputation terrible, mais dans les régions et les pays où il a été correctement mis en œuvre, avec non seulement un dialogue avec les propriétaires terriens en vue de l’élaboration des plans de gestion, mais aussi un éventail approprié de paiement directs, le système a été efficace.