Er is bij de NGO's evenwel een grote mate van onzekerheid over samenwerking met de Commissie ontstaan door de complexiteit van het EG-beleid, het groeiende aantal regels en financieringsbronnen (begrotingslijnen) en recente problemen met betrekking tot de financiële waarborgen.
Cependant, la complexité des politiques communautaires, ainsi que le nombre croissant de réglementations et de sources de financement (lignes budgétaires), à quoi s'ajoutent les problèmes récents de sécurité financière, ont fait naître beaucoup d'incertitude parmi les ONG quant à la coopération avec la Commission.