Als gevolg van dit rechtsfeit ondervond een aantal staten, waaronder België, tal van moeilijkheden bij de tenuitvoerlegging van het Protocol omdat de vereiste nationale structuren niet voorhanden waren om aan alle vereisten van de organisatie te voldoen. Andere lidstaten van de Unie die wel over deze structuren beschikten dan wel ervoor vreesden dat de bevoegdheden van de EURATOM-Commissie zouden worden uitgebreid, verwierpen zelfs de idee de Commissie te betrekken bij de aspecten van het Protocol die niet op nucleair materiaal van toepassing zijn.
Cette réalité juridique exposait plusieurs Etats, dont la Belgique, à de graves difficultés lors de la mise en oeuvre du protocole car aucun d'eux ne possède les structures nationales requises pour répondre à l'ensemble des exigences de l'Agence alors que d'autres Etats membres de l'Union, soit parce qu'ils ont ces structures soit par crainte d'une éventuelle extension des compétences de la Commission d'EURATOM, refusaient l'idée même d'intéresser la Commission aux divers aspects du Protocole où des matières nucléaires ne sont pas en jeu.
