Naast de regelgeving in de kaderrichtlijn water bestaat er ook een raamwerk van criteria die moeten worden nageleefd uit hoofde van andere onderdelen van de EU-milieuwetgeving, met name de wetgeving inzake natuurbescherming. Het gaat hierbij vooral om speciaal beschermde gebieden (bijvoorbeeld de zeegrasvelden voor de Spaanse kust, die speciale bescherming genieten onder de habitatrichtlijn ), waar de naleving van de milieudoelstellingen wordt gewaarborgd.
Outre les exigences de la directive dans le domaine de l’eau, il existe également une gamme complète de critères à respecter dans d’autres volets de la législation environnementale communautaire: la législation en matière de protection de la nature en particulier, qui concerne avant tout les zones bénéficiant d’une protection spécifique (par ex. les champs de Poseidonia, le long des côtes espagnoles, spécialement protégés par la directive «Habitats» ).
