Ook de bilaterale samenwerking is van aanzienlijke omvang: Brazilië is een van de grootste deelnemers van buiten de EU aan het zesde kaderprogramma voor onderzoek (FP6, 2002–2006). Gezamenlijke onderzoeksactiviteiten op bilateraal en biregionaal niveau vinden plaats op alle grote themagebieden, uiteenlopend van milieu, voedsel en gezondheid tot energie en oppervlaktevervoer.
La coopération bilatérale est également appréciable, le Brésil étant l'un des pays tiers les plus importants parmi les participants au sixième programme-cadre de recherche (PC6 2002-2006), grâce à ses activités communes de recherche aux niveaux bilatéral et birégional dans tous les grands domaines thématiques allant de l'environnement à l'alimentation en passant par la santé, l'énergie et les transports de surface.