Krachtens de richtlijn diende in juni 1998 een netwerk van beschermde gebieden tot stand te komen, dat Natura 2000 wordt genoemd en overeenkomstig de vogelstandrichtlijn aangewezen speciale beschermingszones en overeenkomstig de habitatrichtlijn door de lidstaten voorgestelde gebieden omvat.
Elle prévoyait la création, en juin 1988 au plus tard, d'un réseau de sites protégés, dénommé Natura 2000, intégrant les ZPS désignées dans le cadre de la directive Oiseaux sauvages et les sites proposés par les États membres au titre de la directive Habitats.