Right now, denominational schools outside Montreal and Quebec City are protected, as you mentioned, by the notwithstanding clause, which avoids all sorts of lawsuits that could be launched under the Charter, such as under section 41.
Actuellement, les écoles confessionnelles à l'extérieur de Montréal et de Québec sont protégées, comme vous l'avez dit, par la clause nonobstant, du fait qu'on évite ainsi des recours juridiques continuels qui pourraient être pris en fonction de la Charte, entre autres de l'article 41.