Il est corrosif, irritant et présente une odeur de vinaigre qui peut être désagréable pour le personnel. L'action oxydatrice de l'acide peracétique peut provoquer des fuites dans les canaux internes de l'endoscope, surtout si ce dernier a été précédemment désinfecté avec du GA.
De oxiderende werking van perazijnzuur kan lekken veroorzaken in de interne kanalen van de endoscoop, vooral als deze voorafgaandelijk met GA ontsmet werd.