Cette interaction, qui mène à une toxicité augmentée des fluoro-pyrimidines, est potentiellement mortelle. La brivudine, via son principal métabolite, le bromovinyl uracile (BVU), inhibe de manière irréversible la dihydropyrimidine déshydrogénase (DPD), une enzyme qui règle tant le métabolisme des nucléosides naturels (p.ex. thymidine) que celui des médicaments à structure pyrimidine tel que le 5-fluoro-uracile (5-FU).
Gelijktijdig gebruik is gecontra-indiceerd met 5-fluorouracil (met inbegrip van de topische bereidingen en de prodrugs, bijvoorbeeld capecitabine, floxuridine, tegafur) of andere 5-fluoropyrimidines, zoals flucytosine.