Mais la gestion de cette consignation peut poser problème, entre autres en ce qui concerne : l'assurance et le stockage des produits, le suivi de la date de péremption, les stocks inutilisés, la gestion des produits en dehors de l'officine hospitalière, la responsabilité en cas de dommages...
Toch kan het beheer van deze consignatie tot problemen leiden. Onder andere voor wat betreft de verzekering van de producten, het opslaan van de producten, de opvolging van de vervaldatum, de niet gebruikte voorraden, het beheer van de producten buiten de ziekenhuisapotheek, de verantwoordelijkheid bij schade, …