Après inhalation orale, le ciclésonide est métabolisé dans les poumons par voie enzymatique. Son principal métabolite, le C21-déméthylpropionyl-ciclésonide, exerçant un effet antiinflammatoire important est considéré comme le métabolite actif.
Na orale inhalatie wordt ciclesonide in de longen enzymatisch omgezet in de voornaamste metaboliet (C21-des-methylpropionylciclesonide) die een krachtige anti-inflammatoire werking heeft en derhalve wordt beschouwd als de actieve metaboliet.