En chiropraxie, les points de controverse sont, entre autres, le rôle exclusif des manipulations comme moyen thérapeutique, le rôle des micro-organismes dans le processus pathologique (en ce compris le rôle de la vaccination) et l’acceptation de méthodes scientifiques telles que les Randomized Control Trials (essais contrôlés randomisés) comme mode d’évaluation des traitements.
In de chiropraxie zijn de discussiepunten onder andere de exclusieve rol van manipulaties als geneeswijze, de rol van micro-organismen in het ziekteproces (inclusief de rol van vaccinatie) en de aanvaarding van wetenschappelijke methodes zoals Randomized Control Trials als manier om de behandelingen te evalueren.