L’OMS signale que les inconvénients suivants pourraient apparaître en cas de HRS déficient : manque de coordination et perte des économies d’échelle, absence de priorités et impossibilité de lier les budgets à ces priorités, absence de contrôle de la qualité de la recherche et manque de transmission bien conçue des résultats de la recherche aux utilisateurs sur le terrain et au niveau politique.
De WGO vermeldt volgende nadelen als mogelijk gevolg van een gebrekkig HRS: een gebrek aan coördinatie en gemis van schaalvoordelen, het ontbreken van prioriteiten en koppelen van budgetten aan deze prioriteiten, geen toezicht op de kwaliteit van onderzoek, geen doordachte doorstroming van onderzoeksresultaten naar gebruikers op het veld en beleidsniveau.
