La concentration d’anidulafungine dans le cerveau était faible chez les rats adultes et les rats nouveaunés non infectés après administration d’une dose unique (le ratio concentration cerveau/plasma est d'environ 0,2). Cependant, les concentrations dans le cerveau ont augmenté chez les rats nouveau-nés non infectés après administration quotidienne d'une dose pendant cinq jours (le ratio concentration cerveau/plasma est d'environ 0,7).
Bij ongeïnfecteerde volwassen en pasgeboren ratten, was de concentratie anidulafungin in de hersenen na een enkele dosis laag (hersenen-plasmaverhouding ongeveer 0,2), hoewel de concentraties in de hersenen van ongeïnfecteerde pasgeboren ratten na vijf dagelijkse doseringen toenamen (hersenenplasmaverhouding ongeveer 0,7).