Le service Milieu marin du SPF Santé publique, Sécurité de la Chaîne alimentaire et Environnement est responsable du suivi de la directive-cadre sur l'eau pour ce qui est des eaux côtières belges; l'harmonisation avec les Régions a lieu au sein du Comité de coordination de la politique internationale de l'environnement (CCPIE).
De dienst marien milieu van de FOD Volksgezondheid, Veiligheid van de voedselketen en Leefmilieu is verantwoordelijk voor de opvolging van de Kaderrichtlijn Water voor wat betreft de Belgische kustwateren; de afstemming met de Gewesten vindt plaats in het Coördinatiecomité Internationaal Milieubeleid (CCIM).