L’AFMPS a été créée par la loi du 20 juillet 2006 et, le 1er janvier 2007, elle a repris intégralement le rôle et les domaines de compétence de la Direction générale des Médicaments (DG Médicaments) qui faisait partie du Service Public Fédéral (SPF) Santé publique, Sécurité de la Chaîne alimentaire et Environnement.
Het FAGG is opgericht bij wet van 20 juli 2006 en heeft vanaf 1 januari 2007 integraal de rol en de competentiedomeinen van het Directoraat-generaal Geneesmiddelen (DG Geneesmiddelen) als onderdeel van de Federale Overheidsdienst (FOD) Volksgezondheid, Veiligheid van de Voedselketen en Leefmilieu overgenomen.