Le mécanisme d'action repose sur une liaison de la nystatine au stérolène présent dans la membrane cellulaire des champignons, ce qui modifie la perméabilité membranaire et permet la fuite de matériel intracellulaire.
Het werkingsmechanisme berust op een binding van nystatine met de sterolen aanwezig in het celmembraan van schimmels, waardoor de membraanpermeabiliteit gewijzigd wordt. Dit zou een verlies van intracellulair materiaal toelaten.