Les acides aminés en position 1, 2, 3, 6, 8 et 10 du décapeptide naturel GnRH ont été substitués, donnant le [N-Ac-D-Nal (2) 1 , D-pClPhe 2 , D-Pal(3) 3 , D-hArg(Et2) 6 , L-hArg(Et2) 8 , D-Ala 10 ]-GnRH d’un poids moléculaire de 1570,4.
Ganirelix verschilt van het natuurlijke GnRH decapeptide doordat de aminozuren op posities 1, 2, 3, 6, 8 en 10 zijn vervangen, wat leidt tot [N-Ac-D-Nal(2) 1 ,DpClPhe 2 ,D-Pal(3) 3 ,D-hArg(Et 2 ) 6 ,L-hArg(Et 2 ) 8 ,D-Ala 10 ]-GnRH. Het molecuulgewicht bedraagt 1570,4.