La Commission coopère étroitement avec des organisations internationales telles que l'OMS (Organisation mondiale de la santé), l'OIE (Office international des épizooties), la CIPV (Convention internationale pour la protection des végétaux) et la FAO (Organisation des Nations unies pour l'alimentation et l'agriculture).
De Europese Commissie werkt nauw samen met internationale organisaties zoals WHO (Wereldgezondheidsorganisatie), OIE (Internationaal Bureau voor besmettelijke veeziekten), IPPC (Internationaal Verdrag voor de Bescherming van Planten) en FAO (Voedsel- en Landbouworganisatie van de VN).