Les sternes pierregarins sont sensibles aux perturbations ou à la perte d'habitats de nidification, aux prédateurs (surtout les mouettes et les prédateurs terrestres), à la concurrence que leur font principalement les mouettes pour les lieux de nidification, à la pollution (surtout par les substances polluantes non dégradables ou à dégradation très lente comme les métaux lourds ou un certain nombre de substances chimiques comme les pesticides et les herbicides) et aux accidents dus aux pales des éoliennes (par exemple dans le port de Zeebrugge).
Visdieven zijn gevoelig voor verstoring of verlies van de broedhabitat, roofdieren (vooral meeuwen en landroofdieren), nestplaatsconcurrentie (vooral door meeuwen), vervuiling (vooral door vervuilende stoffen die niet of zeer traag afbreken zoals zware metalen of een aantal chemicaliën zoals pesticiden en herbiciden), en ongelukken met wieken van windmolens (zoals in de haven van Zeebrugge).
