Bien qu'on n'ait réalisé aucune étude clinique, la vancomycine a été proposée par l'American Heart Association et l'American Dental Association comme prophylaxie de l'endocardite bactérienne chez les patients allergiques à la pénicilline, ou chez les patients atteints d'une valvulopathie congénitale, rhumatismale ou autre.
Hoewel er geen klinische studies werden uitgevoerd, werd vancomycine door de " American Heart Association" en de " American Dental Association" voorgesteld als profylaxe van bacteriële endocarditis bij patiënten die allergisch zijn voor penicilline, of patiënten met een aangeboren, rheumatische of andere hartklepaandoening.