Le Traité fonctionne au moyen de deux organes principaux, la Réunion annuelle des Parties et le Comité de Protection Environnementale ; d’autres comités, dont le Comité scientifique pour la recherche Antarctique (SCAR), complètent le système.
De uitvoering van het Verdrag is in handen van zijn twee belangrijkste organen: de Jaarlijkse Bijeenkomst van de Partijen en het Milieubeschermingscomité; het telt ook nog andere comités, o.m. het Wetenschappelijk Comité voor Antarctisch Onderzoek.