Même lorsqu’il s’agit d’une infection bactérienne et que la bactérie a été identifiée, l’utilité d’une antibiothérapie est limitée: des données suggérant un raccourcissement des plaintes avec certains antibiotiques n’existent que pour les infections à Shigella (rares en Belgique) et pour la diarrhée du voyageur (voir plus loin).
Zelfs wanneer de diarree bacterieel is en de bacterie gekend is, is het nut beperkt: enkel voor Shigella-infecties (die in België zeldzaam zijn) en bij reizigersdiarree (zie verder) zijn er voor bepaalde antibiotica gegevens dat zij de duur van de klachten verkorten.