L'utilisation de flumazénil est contre-indiquée en cas d'utilisation d'antidépresseurs tricycliques, d'utilisation simultanée de médicaments qui peuvent déclencher des convulsions, et en cas d'anomalies à l'ECG telles qu'un allongement du complexe QRS ou de l'intervalle QT (ce qui fait supposer la prise simultanée d'antidépresseurs tricycliques).
Het gebruik van flumazenil is gecontra-indiceerd bij gebruik van tricyclische anti-depressiva, simultaan gebruik van geneesmiddelen die convulsies kunnen uitlokken, en bij afwijkingen van het EKG, zoals verlenging van het QRS en QT-interval (die gelijktijdige inname van tricyclische antidepressiva doen vermoeden).