La Conférence interministérielle mixte environnement-santé (CIMES, où siègent tous les ministres signataires de l’accord de coopération), détermine les axes généraux prioritaires dans la mise en œuvre et le suivi du NEHAP.
De Gemengde Interministeriële Conferentie Leefmilieu-Gezondheid (GICLG, waarin alle ministers zetelen die het samenwerkingsakkoord hebben ondertekend), bepaalt de algemene pijlers bij de uitvoering en de opvolging van het NEHAP.