Grâce à son action particulière, il n'existe pas de résistance croisée entre la ciprofloxacine et d'autres composants antibactériens à une structure chimique différente tels que les bêtalactamines, les aminoglycosides, les tétracyclines, les macrolides et les antibiotiques peptidiques ainsi que les sulfamides, le triméthoprime, le nitrofuranne et leurs dérivés.
Dankzij zijn bijzondere werking, bestaat er geen kruisresistentie tussen ciprofloxacine en andere anti-bacteriële componenten met een chemisch verschillende structuur zoals de bètalactamines, de aminoglycosiden, de tetracyclines, de macroliden, en peptide-antibiotica, evenals de sulfamiden, trimethoprim, nitrofuran en hun derivaten.