La classification d’un médicament dans le système ATC n’implique aucun jugement de son efficacité, et de plus, les médicaments classés dans le même ATC de niveau 4 (p. ex. les inhibiteurs de la pompe à protons dans A02BC, les inhibiteurs de l’enzyme de conversion de l’angiotensine dans C09AA, les sartans dans C09CA, les statines dans C10AA) ne sont pas par définition équivalents d’un point de vue thérapeutique: leur efficacité, leurs effets indésirables et leurs interactions peuvent être différents; ils ne sont donc pas simplement interchangeables.
De classificatie van een geneesmiddel in het ATC-systeem houdt geen waardeoordeel in over zijn werkzaamheid. Ook zijn de verschillende geneesmiddelen die in eenzelfde ATC-niveau 4 worden geklasseerd (bv. de protonpompinhibitoren in A02BC, de ACE-inhibitoren in C09AA, de sartanen in C09CA, de statines in C10AA), niet per definitie therapeutisch equivalent: hun doeltreffendheid, ongewenste effecten en interacties kunnen verschillen; ze kunnen dus niet zomaar als uitwisselbaar beschouwd worden.