Les principales menaces recensées pour les habitats sont liées à certaines pratiques agricoles (dont la modification des pratiques culturales, le surpâturage, l'abandon des systèmes pastoraux, l'utilisation d'engrais et de pesticides) et aux «modifications des conditions naturelles» d'origine anthropique.
De belangrijkste bedreigingen die voor habitats zijn vastgesteld, zijn bepaalde landbouwpraktijken (inclusief veranderingen in de teeltwijze, overbeweiding, stopzetting van beweidingssystemen, bemesting en bestrijdingsmiddelen) en door de mens veroorzaakte "wijzigingen van natuurlijke omstandigheden" (meestal hydrologische veranderingen).