Toutefois, en l'absence de liste officielle, la Commission adopte une approche au cas par cas qui tient compte, d'une part, des données scientifiques existantes concernant le risque d'eutrophisation des eaux maritimes réceptrices des bassins hydrographiques concernés (données reconnues par les conventions internationales signées par ces pays : convention d'Helcom pour la mer Baltique, convention d'Ospar pour la mer du Nord, convention de Barcelone pour la Méditerranée, conventions du Danube et de la mer Noire pour la mer Noire) et, d'autre part, de la localisation et des caractéristiques des projets ISPA.
Maar wanneer gevoelige gebieden niet formeel zijn aangewezen, past de Commissie een benadering per geval toe, daarbij lettend op enerzijds bestaande wetenschappelijke gegevens inzake het risico van eutrofiëring van de mariene wateren waarin de betreffende stroomgebieden uitmonden (die zijn erkend in de internationale verdragen die door deze landen zijn ondertekend: Helcom voor de Oostzee, het Ospar-verdrag voor de Noordzee, het verdrag van Barcelona voor de Middellandse Zee en het Donauverdrag en het Zwarte Zeeverdrag voor de Zwarte Zee) en anderzijds de locatie en de kenmerken van de ISPA-projecten.