Cependant, lorsqu'on veut faire enregistrer une entité plus petite que le site sur lequel elle est installée, il faut clairement faire savoir au monde extérieur que seules certaines parties des opérations effectuées sur le site sont gérées dans le cadre de l'EMAS car, en général, les opérations effectuées sur un site sont perçues comme formant un tout par le monde extérieur.
Indien echter een eenheid die kleiner is dan de respectieve locatie, in EMAS wil worden geregistreerd, moet duidelijk aan het publiek worden meegedeeld dat slechts delen van de activiteiten van de organisatie op de betrokken locatie onder EMAS worden beheerd, omdat de activiteiten op één locatie door het publiek gewoonlijk als één onscheidbaar geheel worden beschouwd.