Outre la direction générale, l'Agence est organisée autour de trois directions: la direction Gestion et Contrôle du réseau, la direction des Services Opérationnels et la direction des Services Généraux, chacune dirigée par un titulaire d'une fonction de management -1 (arrêté royal du 15 octobre 2001 relatif à la structure, à l'organisation et au fonctionnement de l'Agence fédérale d'Accueil des Demandeurs d'Asile).
Naast de directie-generaal, bestaat het Agentschap uit drie directies: de directie Netwerkbeheer en -controle, de directie Operationele diensten en de directie Algemene diensten, elk geleid door een houder van een managementfunctie -1 (Koninklijk Besluit van 15 oktober 2001 betreffende de structuur, de organisatie en de werking van het Federaal agentschap voor de opvang van asielzoekers).