Les coûts annuels totaux de l’Agence sont estimés à 6 à 7 millions d’euros par an environ, dont 5 millions d’euros pour les dépenses de personnel (en considérant que le coût moyen par personne est le coût du personnel de la Commission européenne, soit 117 000 euros par an, incluant les dépenses liées aux bâtiments et les dépenses administratives connexes), un million d’euros pour les frais de fonctionnement (réunions, études, frais de traduction, de publication et de relations publiques) et le reste pour les dépenses d'investissement (acquisition de biens mobiliers et dépenses afférentes) et les frais de missions.
De totale kosten van het nieuwe Agentschap voor de samenwerking tussen energieregelgevers worden geraamd op ongeveer 6-7 miljoen euro per jaar, waarvan 5 miljoen voor personeelsuitgaven (waarbij als gemiddelde per persoon de kosten van een ambtenaar van de Europese Commissie werden genomen, d.w.z. 0,117 miljoen euro per jaar, inclusief kosten van gebouwen en gerelateerde administratieve uitgaven), 1 miljoen euro huishoudelijke uitgaven (kosten van vergaderingen, studies, vertalingen, publicaties en public relations) en de rest voor kapitaaluitgaven (voor de aankoop van roerende goederen en dergelijke) en dienstreizen.