Le programme Atlantis est conçu, géré et financé conjointement par la Commission européenne et le FIPSE (Fund for the Improvement of Post Secondary Education - Fonds pour l’amélioration de l’enseignement postsecondaire) du département de l’éducation américain.
Het Atlantis-programma is opgezet door de Europese Commissie en het Amerikaanse ministerie van Onderwijs (FIPSE), die het programma gezamenlijk beheren en financieren.