La qualité insatisfaisante des résultats donnés par le système ainsi que la charge administrative considérée comme trop lourde par de nombreuses PME ont amené Eurostat à prendre différentes mesures (évaluation des systèmes Intrastat nationaux, sondages d'opinion auprès des fournisseurs et des utilisateurs des statistiques, séminaire sur l'avenir d'Intrastat).
De onbevredigende kwaliteit van de resultaten van het systeem en de door een groot deel van het MKB als te zwaar beschouwde administratieve belasting, hebben Eurostat ertoe aangezet verschillende maatregelen te nemen (evaluatie van de nationale Intrastat-systemen, opinieonderzoek onder leveranciers en gebruikers van statistieken, seminar over de toekomst van Intrastat).