À l'exception de l'OHMI et de l'OCVV, dont les activités fondamentales sont financées par des redevances et non par le budget de la Communauté, la Commission applique pour toutes les agences le principe que celles de leurs activités qui relèvent de leur mandat légal doivent être financées par la subvention communautaire afin de ne pas remettre en cause les prérogatives des autorités budgétaires.
Behalve voor het Harmonisatiebureau voor de interne markt en het Communautair Bureau voor plantenrassen, die hun kernactiviteit financieren uit vergoedingen en niet uit de communautaire begroting, hanteert de Commissie voor alle agentschappen het beginsel dat de activiteiten van de agentschappen die binnen hun wettelijk mandaat vallen, moeten worden gefinancierd door middel van een subsidie van de Gemeenschap teneinde de bevoegdheden van de begrotingsautoriteit niet te compromitteren.