La systématique distingue plusieurs ordres chez les reptiles: les rhynchocéphales (les tuatara), les squamates (lézards, serpents), les chéloniens (tortues) et les crocodiliens (crocodiles, alligators, caïmans).
Op basis van hun morfologie worden reptielen ingedeeld in vier orden: Rhynchocephalia (brughagedissen), Squamata (hagedissen en slangen), Chelonia (land- en waterschildpadden), en Crocodilia (alligators, krokodillen, kaaimannen en gavialen).