Cependant, deux autres problèmes fondamentaux expliquent le climat global actuel peu propice aux investissements dans plusieurs ports du RTE-T: 4) des relations financières floues entre les autorités publiques, les autorités portuaires et les prestataires de services portuaires et 5) la faible autonomie des ports pour définir les redevances d'infrastructure et les liens non transparents avec les coûts liés à l'accès aux infrastructures portuaires.
Er zijn echter nog twee andere fundamentele factoren die een verklaring vormen voor het huidige, in algemene zin onaantrekkelijke investeringsklimaat in diverse TEN-T-havens: (4) onduidelijke financiële betrekkingen tussen overheden, havenautoriteiten en aanbieders van havendiensten, en (5) de beperkte autonomie van havens om infrastructuurheffingen op te leggen, alsmede een niet-transparant verband tussen het niveau van die heffingen en de aan de toegang tot haveninfrastructuur gerelateerde kosten.