De surcroît, cette pratique est à l'origine de certaines difficultés d'ordre administratif et matériel, qui se sont manifestées surtout dans la phase délicate de démarrage des activités des agences : choix d'un siège provisoire, problème de recrutement du personnel dans l'incertitude de la localisation du siège définitif, coûts supplémentaires et difficultés pratiques dans la transition vers le siège définitif.
Bovendien leidt deze procedure tot bepaalde administratieve en materiële problemen die zich vooral in de toch al moeilijke aanloopfase van de activiteiten van de agentschappen hebben voorgedaan: de keuze van een voorlopige zetel, het probleem om personeel te werven zolang de plaats van de definitieve zetel nog niet bekend is, de extra kosten en de praktische moeilijkheden bij de verhuizing naar de definitieve zetel.