Dans le cas de l'Agence européenne pour l'environnement (AEE), de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (AESA), du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies et de l'Agence européenne des médicaments (AEM), la Commission propose que lui soit confiée la réalisation de l'évaluation et, sur la base des résultats, la présentation d'une proposition à l'attention de l'organe chargé de la nomination, c'est-à-dire le conseil d'administration de l'agence.
In het geval van het Europees Milieuagentschap (EEA), de Europese Autoriteit voor voedselveiligheid (EFSA), het Europees Centrum voor ziektepreventie en -bestrijding (ECDC) en het Europees Geneesmiddelenbureau (EMEA), wil de Commissie de evaluatiebevoegdheid bij zichzelf houden, om op basis van de resultaten daarvan vervolgens het tot aanstelling bevoegde gezag, d.w.z. de raad van bestuur van het agentschap, voorstellen te doen voor verdere stappen.