À ce jour, le programme d'affectation des M6 est le suivant : en région flamande, les trains ICK Gand-Bruxelles-Genk, les trains ICN Bruxelles-Anvers et six trains P vers Ostende, Courtrai et Anvers, soit environ 70 trains par jour ouvrable ; en région wallonne, seulement deux allers et retours Bruxelles-Luxembourg et un aller retour Bruxelles-Châtelet, soit six trains par jour ouvrable.
Vandaag ziet de verdeling van de M6 eruit als volgt: in het Vlaams Gewest de ICK-treinen Gent-Brussel-Genk, de ICN-treinen Brussel-Antwerpen en zes P-treinen naar Oostende, Kortrijk en Antwerpen, wat neerkomt op 70 treinen per werkdag; in het Waals Gewest zijn er alleen de twee treinen heen en terug Brussel-Luxemburg en één trein heen en terug Brussel-Châtelet, zes treinen per werkdag dus.