Un dernier point qui peut sembler secondaire, mais qui empoisonne réellement les négociations, c'est l'exigence de voir intégrée dans les APE la clause de la Nation la plus Favorisée qui obligerait les états ACP à octroyer à l'UE tous les avantages qu'ils donneraient à d'autres partenaires (même du Sud).
Een laatste punt, dat secundair kan lijken maar dat de onderhandelingen echt vergiftigt, is de eis dat in de EPO's de Meest Begunstige Natie-clausule wordt opgenomen. Dat zou de ACS-landen ertoe verplichten de EU alle voordelen toe te kennen die ze aan andere partners (zelfs van het Zuiden) geven.