En dépit de plusieurs améliorations, le fonctionnement des APP demeure entaché d'importantes lacunes, comme l'a récemment révélé la consultation sur le livre vert de 2009[15]:
De visserijpartnerschapsovereenkomsten zijn weliswaar op verschillende punten verbeterd, maar de werking ervan heeft nog steeds te lijden onder substantiële tekortkomingen, zoals onlangs nog eens naar voren kwam tijdens de raadpleging over het groenboek uit 2009[15].
