Le principe de fonctionnement de l'EMAS et les conditions générales de participation restent en substance identiques à celles du règlement en vigueur. Pour participer à l'EMAS, les organisations doivent définir une politique environnementale, effectuer une analyse environnementale, mettre en place un système de management environnemental, réaliser un audit environnemental interne et établir une déclaration environnementale.
De operationele regeling inzake EMAS en de algemene deelnemingsvoorwaarden blijven in wezen dezelfde als onder de vigerende verordening: organisaties kunnen aan EMAS deelnemen mits zij een milieubeleid ontwikkelen, een milieuanalyse uitvoeren, een milieubeheersysteem opzetten, een interne milieuaudit uitvoeren en een milieuverklaring opstellen.