Entre 200 et 300 prisonniers détenus à la prison de Rubavu auraient en outre été massacrés par les soldats de l'A.P.R. Les autorités rwandaises ont reconnu que 185 prisonniers avaient trouvé la mort, mais attribuent ces meurtres à l'attaque d'un groupe armé inconnu.
Bovendien werden tussen de 200 en 300 gevangenen van de gevangenis van Rubavu afgeslacht door soldaten van het APR. De Rwandese overheid erkende de dood van 185 gevangenen maar weet dit aan de aanval van een onbekende gewapende groep.