La Politique scientifique fédérale est également en contact régulier avec la Représentation permanente auprès de l'Union européenne dont la mission est de défendre les intérêts de la Belgique dans les délibérations du Conseil de l'Union européenne (UE) et de présenter le point de vue belge auprès des autres institutions communautaires (Conseil européen, Commission européenne, Parlement européen, Comité économique et social, Comité des régions).
Het Federaal Wetenschapsbeleid heeft ook regelmatig contact met de Permanente Vertegenwoordiging bij de Europese Unie die tot taak heeft de belangen van België te verdedigen in het kader van de beraadslagingen van de Raad van de Europese Unie en het Belgische standpunt te vertolken bij de andere communautaire instellingen (Europese Raad, Europese Commissie, Europees Parlement, Economische en Sociale Raad, Comité der Regio's).