À la suite d'un recours introduit par un des plaignants, le Tribunal de l'Union a annulé la décision le 7 novembre 2012, jugeant que la Commission aurait dû ouvrir une enquête approfondie afin de recueillir des informations complémentaires au vu des doutes exprimés par les plaignants quant à la compatibilité avec le marché intérieur de la compensation accordée sous forme de financement des déficits résultant des obligations supplémentaires exécutées par les hôpitaux IRIS.
Nadat één van de klagers een beroep ertegen had ingesteld, verklaarde het Gerecht die beschikking op 7 november 2012 nietig. Het oordeelde dat de Commissie een diepgaand onderzoek had moeten instellen om extra informatie te verzamelen, omdat de argumenten van de klagers twijfels deden rijzen over de verenigbaarheid van de financiering van de tekorten die voortvloeien uit de aanvullende verplichtingen van de IRIS-ziekenhuizen.